ニューヨークにおける日本人クリスチャンの最初の足跡は、1890年代に遡ります。1890年の米国国勢調査によれば、米国本土には2039人の日本人がいました。
今からおよそ130年も前に、岡島金弥氏という人物がオレゴン州から徒歩でニューヨーク州に渡り、後に日系人社会に貢献する高見豊彦氏と出会い、ニューヨーク日本人クリスチャンの礎を築きました。

マンハッタン区からは幾つかの日本人教会や団体が生まれましたが、この日米教会に統合されました。第二次世界大戦が始まる1940年頃にはニューヨークでは3つの日本人教会が存在していました。その頃、米国では日系人や永住権者を保持する日本人に対する差別が激化し、西海岸の日本人は収容所に収容され、エリス島には4000人もの日本人が収容されました。このような厳しい状況の中でも日本人牧師がエリス島の日本人を訪問し、永住者を雇用、資金、カウンセリングを施すなどして支援しました。

戦後に西海岸の収容所が廃止されると、多くの日本人がニューヨークに移住したためそれに伴って日本人クリスチャンの規模も拡大しました。